Si depuis le 4 avril 1968, le décret d’Appellation d’Origine Contrôlée (AOC) protège le Beaufort, et en particulier sa forme et sa zone de production, elle lui impose le respect d’un cahier des charges strict qui est la garantie de sa typicité puisqu’il fait référence aux « usages locaux, loyaux et constants » (race de vache, alimentation…). Le respect de ce cahier des charges fait par ailleurs l’objet de contrôles rigoureux par les représentants de l’administration.
Chaque producteur, à travers la signature d’une déclaration d’aptitude, s’engage à respecter le cahier des charges de l’appellation Beaufort. Des agents de l’INAO sont habilités à effectuer des contrôles au niveau de la production de lait, de la transformation et de l’affinage des fromages. Si un producteur ne respecte pas ces règles, l’usage de l’Appellation d’Origine peut lui être retiré.
Les qualités gustatives et de composition sont aussi contrôlées régulièrement par une commission d’Agrément composée de professionnels, en majeure partie des agriculteurs, qui jugent les fromages en parfait anonymat.
Les agents de la Direction Départementale de la Concurrence, de la Consommation et de la Répression des Fraudes (DDCCRF) mènent des contrôles au niveau de la distribution.